„Grisaia: Phantom Trigger” to animacja, która skupia się na członkach organizacji SORD podczas zagranicznej wycieczki szkolnej. Już od pierwszych chwil ich przybycia, zostają oni wciągnięci w poszukiwania zbiegłego członka SORD, wspomagani przez uczniów, Sylvię i Velvet ze szkoły międzynarodowej St. Aile. W tym odcinku główną rolę odgrywa Tohka, która mierzy się ze swoimi problemami – wspomnieniami rodziców i obietnicą daną przyjacielowi, której nie była w stanie dotrzymać.