„Gun-dou Musashi” to anime w tle zakończonej wojny o kontrolę nad zjednoczonym Japonią, okresu Sengoku. Zwycięska armia Toyotomi pozwala swojemu rywalowi, Tokugawie, żyć. Jednak po ostatecznej bitwie złośliwy ayakashi o imieniu Yasha ujawnia Tokugawie, że historia mówi, iż to on powinien wygrać wojnę, a nie Toyotomi. Tokugawa decyduje się skorzystać z oferowanej mu mocy przez Yashę. Jedyną osobą, która może powstrzymać Tokugawę przed uzyskaniem władzy nad Japonią i zamordowaniem księżniczki Kaguya, kluczowego łącznika do alternatywnej teraźniejszości, jest młody i zadziorny Musashi Miyamoto. Musashi stosuje technikę „Gun-do”, mieszając walkę mieczem z strzelaniem.