„.hack//Liminality” to anime osadzone w świecie nowo wydanego MMORPG „The World”, gdzie gracze zapadają w tajemnicze śpiączki. Po tym, jak Minase Mai i Tomonari Kasumi słyszą tajemniczy dźwięk i tracą przytomność podczas grania, tylko Mai dochodzi do siebie. Wkrótce twórca gry, Tokuoka Junichiro, wyjawia jej, że sześciu innych graczy w całym kraju również zapadło w śpiączkę grając w „The World”. Mając do pomocy grupę znajomych, Mai i Junichiro podejmują wyzwanie, aby rozwikłać tę zagadkę zanim inni ucierpią.