Anime „.hack//Sign” przedstawia przygody młodego maga o imieniu Tsukasa, który budzi się w świecie popularnej gry MMORPG, cierpiąc na lekką amnezję. Tsukasa nie pamięta, co zrobił, zanim się obudził i nie jest w stanie wylogować się z gry. Podejrzewany przez Rycerzy Szkarłatu o bycie hakerem, musi unikać nie tylko rycerzy, ale również innych graczy.
W swojej podróży Tsukasa natyka się na magiczny przedmiot w formie „strażnika”, który obiecuje mu ochronę przed wszelkim zagrożeniem. Subaru, lider Rycerzy Szkarłatu, wraz z innymi graczami, którzy zaprzyjaźnili się z Tsukasą, rozpoczynają śledztwo, aby dowiedzieć się, dlaczego Tsukasa nie może się wylogować i próbują rozwiązać ten problem zanim sytuacja wymknie się spod kontroli.