„Handa-kun” to historia o Sei Handzie, który jest przekonany, że wszyscy naokół go nienawidzą i traktują jako wyrzutka. W rzeczywistości, Handa to najpopularniejszy uczeń w szkole, uwielbiany za nieporównywalne umiejętności kaligrafii, przystojny wygląd i coolerską osobowość. Niemniej jednak, ciągłe nieporozumienia sprawiają, że zamiast adoracji widzi w zachowaniu rówieśników próby prześladowania. Mimo że próbuje się odizolować od reszty, nie odstręcza to jego wielbicieli. Bez względu na to, czy są to modele, młodociani samotnicy, obsesyjne fanki – nikt nie może oprzeć się fenomenowi Sei Handy.