„High School Fleet” to anime o przyszłościowej Japonii, która stała się morską potęgą po trzęsieniach ziemi, które zatopiły większość terytorium. Dziewczyny marzą o wstąpieniu do Blue Mermaids, bardzo umiejętnych kobiet chroniących morza. Przyjaciele z dzieciństwa, Akeno Misaki i Moeka China, spotykają się ponownie w morskim liceum dla dziewcząt w Yokosuka, gdzie szkolą się na kapitanów własnych statków. Wszystko układa się doskonale dla Akeno, która przywyka do roli kapitana na niszczycielu Harekaze. Sytuacja komplikuje się, gdy nieoczekiwane awarie silnika i nawigacji narażają okręt i załogę na niebezpieczeństwo. „High School Fleet” śledzi, jak załoga Harekaze walczy o przetrwanie i spełnienie marzeń o zostaniu prawdziwymi Blue Mermaids.