„Hoshi no Koe” to opowieść osadzona w roku 2046, kiedy Noboru Terao i Mikako Nagamine, bliscy przyjaciele na skraju zakończenia gimnazjum, zostają rozdzieleni przez atak kosmitów na Ziemię. Mikako zostaje wybrana do kosmicznej ekspedycji wojskowej ONZ, mającej na celu przeciwdziałanie zagrożeniu. Wobec rosnącej odległości, Noboru i Mikako starają się utrzymywać kontakt poprzez e-maile wysyłane ze swoich telefonów komórkowych. „Hoshi no Koe” skupia się na ich związku i próbach utrzymania połączenia mimo rosnącej przestrzeni między nimi.