„Hundred” to anime o nastolatku o imieniu Hayato Kisaragi, który dzięki swoim niebywałym zdolnościom do walki z kosmicznym organizmem zwanym „Savage”, zostaje zaproszony do prestiżowej wojskowej akademii Little Garden na pokładzie okrętu. W centrum opowieści jest intensywny trening Hayato przygotowujący go do nadchodzącej bitwy, gdzie przyciąga uwagę wielu rówieśniczek i zostaje wplątany w szereg incydentów, stawiając czoło istotom, które obecnie zagrażają bezpieczeństwu Ziemi.