„Hunter x Hunter Movie 2: The Last Mission” to pełne akcji anime, które kręci się wokół tajemniczej energii Nen i Hunter’s Association, którzy starają się kontrolować dostęp do niej. Isaac Netero, najmocniejszy Łowca i przewodniczący Stowarzyszenia, staje twarzą w twarz z ponownie pojawiającymi się użytkownikami On, ciemnej strony Nen, na turnieju „Battle Olympia”. Przez całe dekady temu Netero uwięził Jeda, łowcę, który opanował On. Teraz misją Netero jest ochrona Stowarzyszenia i świata przed gniewem i pragnieniem zemsty.