„ID-0” to sci-fi anime, które zabiera nas w świat, w którym istnieje możliwość przeniesienia ludzkiej świadomości do robota zwane „I-Maszyne”. To wszystko dzięki odkryciu cennego minerału zwanego „orichalt”. Główni bohaterowie to członkowie firmy Excavate, niefrasobliwi górnicy I-Maszyn dowodzeni przez znanego Graymana, którzy gromadzą orichalt dla zysku.
Podczas jednej z wypraw ratują Mayę Mikuri, studentkę porzuconą przez swoją załogę. Oskarżona o kradzież poufnych informacji na temat orichaltu, dołącza do Excavate z nadzieją na oczyszczenie swojego imienia. Tymczasem Ido, utalentowany członek zespołu bez pamięci o swojej przeszłości, może mieć szansę odnaleźć swoją prawdziwą tożsamość. Ta przygoda na pewno odmieni ich życie.