„Initial D Extra Stage” to dwuczęściowe specjalne wydanie, które pogłębia historię znaną z serii Initial D. W pierwszej części skupiamy się na zespole wyścigów samochodowych „Emperor”, który jest niepokonany na terenie prefektury Gunma. Teraz ich celem jest Mount Usui i legenda wyścigów – duet Impact Blue. Mako Satou i Sayuki, będą musiały bronić swojego tytułu, borykając się przy tym z osobistymi problemami.
Druga część skupia się na osobistych wyzwaniach Mako. Zmagając się z duchami przeszłości, musi zdecydować, czy zrezygnować z ulicznych wyścigów na rzecz miłości, czy kontynuować swoje marzenie o profesjonalnej karierze jako kierowca.