„Izumo: Takeki Tsurugi no Senki” to historia młodego chłopaka, Yagiego Takeru, którego życie nagle ulega drastycznej zmianie. Wychowany przez głowę rodziny Touma – Rokunosuke, Takeru zawsze był otoczony przez bliskie mu osoby, w tym jego najlepszego przyjaciela i rywala z klubu kendo, Yamato Takeshi, siostry Shiratori – Kotono i Asukę, oraz swoją przyjaciółkę z dzieciństwa, Oosu Seri. Jednak pewnego dnia, po trzęsieniu ziemi, szkoła, do której uczęszcza, zamienia się w ruiny wyglądające, jakby były opustoszałe od wieków. Wszyscy nauczyciele i uczniowie znikają, a miasto, w którym żyli, jest całkowicie puste. Spotyka się z Seri i Asuką, aby uciec z ruin, kiedy napotykają tajemnicze postacie w płaszczach, które przekazują im informację o przeniesieniu do innego świata.