„JoJo no Kimyou na Bouken Part 6: Stone Ocean Part 3” opowiada o niezwykłych przygodach Jolyne Kuujou. Po ucieczce z więzienia Green Dolphin Street, wraz ze swoimi towarzyszami Ermes Costello i Emporio Alniño, rusza w pościg za przeciwnikiem – kapłanem Enrico Pucci. Sojusznicy Jolyne, Weather Report i Narciso Anasui, przeżywają trudności, próbując zasilić ich siły. Tymczasem Pucci udaje się do Centrum Kosmicznego im. Kennedy’ego, dążąc do osiągnięcia swojego ostatecznego celu – spełnienie woli starożytnego wroga rodziny Joestar, Dio Brando. Kapłan dąży do stworzenia świata, w którym wszyscy ludzie będą szczęśliwi, choć pozbawieni wolnej woli. Jolyne, bez wsparcia swojego ojca, musi skonfrontować się z Pucci, wykorzystując wszystko, czego nauczyła się w więzieniu, podczas gdy los świata wisi na włosku.