„Juuou Mujin no Fafnir” to historia o szkole dla dziewcząt zwanych D, które posiadają niezwykle potężne zdolności do generowania ciemnej materii i manipulowania nią w celu stworzenia potężnej broni. Te dziewczyny nie istniały dwadzieścia pięć lat temu i pojawiły się tylko po tym, jak na całym świecie zaczęły pojawiać się tajemnicze, destrukcyjne potwory znane jako „Smoki”. Teraz uczęszczają do tej szkoły, mając nadzieję na opanowanie i wykorzystanie swoich mocy przeciwko Smokom. Yuu Mononobe, jako jedyny znany męski D, musi budować relacje z dziewczynami wokół niego, w tym z dawno oddzieloną siostrą, która również uczęszcza do szkoły, i pracować z nimi nad zbadaniem i eliminacją zagrożenia ze strony potężnych Smoków.