„K: Missing Kings” to kontynuacja historii, która rozpoczęła się rok wcześniej, gdy Shiro, Srebrny Król, nagle zniknął. Kurou Yatogami i Neko nieustannie prowadzą śledztwo, które prowadzi do konfrontacji z członkami rozwiązanego Czerwonego Klanu HOMRA. Tymczasem Zielony Klan ma swoje niecne plany, dążąc do zdobycia mocy Anny Kushina. Akcja gwałtownie przyspiesza, kiedy grupa Scepter 4, Kurou i Neko muszą uratować Annę i jednocześnie szukać Shiro, wykorzystując jej moce. Wszystko to dzieje się w świecie, gdzie toczy się psychiczna wojna pomiędzy siedmioma królami, a każdy z bohaterów zmaga się z konsekwencjami utraty swojego władcę.