„Kanokon” to historia Kouty, który ma problemy z dziewczynami, ale tych nadnaturalnego typu. Kouta, chłopak z prowincji, przeprowadza się do miasta, by uczęszczać do liceum. Jego spokojne życie szybko przekształca się w coś dziwnego, kiedy zaczyna przyciągać uwagę (i uczucia) duchów zwierząt. Jego towarzyszką staje się piękna lisica-demon, Chizuru. To jednak nie koniec, na Koutę polują również inne youkai, w tym wilkołak Nozomu. Kouta będzie musiał poradzić sobie w tym dziwnym, nowym świecie pełnym nadnaturalnych istot.