„Karakuri Circus” to tajemnicza anime, które skupia się na Naumim Katou, dorosłym człowieku chorującym na rzadką i zagadkową chorobę ZONAPHA, która wywołuje gwałtowne ataki, a jedynym lekarstwem jest obserwacja czyjegoś śmiechu. Los przeplata go z młodym chłopcem, Masaru Saiga, który ucieka przed trzema dorosłymi. Jednak po śmierci ojca Masaru, członkowie jego rodziny próbują go zamordować, aby zdobyć fortunę. Naumi postanawia pomóc Masaru, ale odkrywa, że ich prześladowcy to supermocne, czujące lalki. Kiedy wszystko wydaje się przegrane, niespodziewanie pojawia się dziewczyna o białych włosach, Shirogane, opiekunka Masaru. „Karakuri Circus” opowiada o trzech osobach o różnych tle, których losy się przenikają i rozwijają, odkrywając tajemnice starożytnej historii miłości, zdrady oraz długiej, starożytnej bitwy między ludźmi a lalkami.