„Karakuri Kiden: Hiwou Senki” to historia osadzona w XIX wiecznej Japonii, kiedy to na wyspę dotarła zachodnia cywilizacja. Bojówka posługująca się mechanicznymi laleczkami i parowymi wynalazkami, nazywana „Wiatrowym Gangiem”, dąży do brutalnego narzucenia nowej Ery Przemysłowej. Ich działania prowadzą do zniszczenia spokojnej wioski młodego użytkownika lalki o imieniu Hiwou. Wraz ze swoimi przyjaciółmi Hiwou ucieka, zabierając ze sobą gigantyczną lalkę zwaną Homura. Teraz jego celem jest odnalezienie ojca, który mógłby pomóc pokonać „Wiatrowy Gang” i przywrócić pokój w Japonii.