„Kidou Senshi Gundam 00 Second Season” to kontynuacja kosmicznej sagi, w której świat, zjednoczony pod władzą Earth Sphere Federation, próbuje poradzić sobie z terrorystami. A-Laws, specjalna grupa militarnej prewencji, staje się coraz bardziej autorytarnymi stróżami prawa, niestety, coraz częściej jest to ich własne prawo. W odpowiedzi na ich faszystowskie metody, antyterrorystyczna grupa Celestial Being powraca do gry. Pilotując zaawansowane mobile suits zwane Gundam, walczą z A-Laws, starając się powstrzymać ich tyranię. Czołowi piloci, Setsuna F. Seiei, Lockon Stratos, Allelujah Haptism, i Tieria Erde, muszą stawić czoła nie tylko wrogom, ale i własnym demonom przeszłości.