Rok U.C. 0097, rok po otwarciu „Pudełka Laplace’a”. Mimo objawienia Karty Powszechnej Epoki, potwierdzającej istnienie i prawa Newtypes, struktura świata nie uległa znaczącym zmianom. Konflikt znanym jako „Incydent Laplace’a” uważa się za zakończony z chwilą upadku resztek Neo Zeon, znanych jako Sleeves. Podczas ostatniej bitwy, dwa pełnoprawne psycho-frame mobile suits wykazały moc niezrozumiałą dla ludzkiego umysłu. Biały jednorożec i czarny lew zostały zamknięte, by wyprowadzić to niebezpieczeństwo z ludzkiej świadomości i powinny zostać całkowicie zapomniane.
Jednakże RX-0 Unicorn Gundam 03, który zniknął dwa lata wcześniej, ma teraz ponownie się pojawić w Sferze Ziemi. Złoty feniks… imieniem Phenex.