U.C. 0097. Rok po wydarzeniach przedstawionych w „Mobile Suit Gundam Unicorn” ludzkość wciąż próbuje odnaleźć się po dramatycznych skutkach konfliktu z Laplace. Tajemnicze zjawisko znane jako „Cud z Axis”, w którym potężne moce Newtype’ów odegrały kluczową rolę, pozostawiło bez odpowiedzi liczne pytania, które nadal nurtują Federację oraz społeczeństwo.

Historia skupia się na młodym poruczniku Federacji Jonie Bashcie, który zostaje wysłany na misję przechwycenia potężnego Gundama oznaczonego jako Phenex, trzeciego prototypu typu Unicorn, który nagle się pojawia i równie nagle znika. Jona, wraz z dwójką dawnych przyjaciół z dzieciństwa, których losy splątały się tragicznie podczas wcześniejszych eksperymentów związanych z Newtype’ami, zostaje wciągnięty w konflikt, który może zdecydować o przyszłości rodzaju ludzkiego.

W „Mobile Suit Gundam NT” powracają charakterystyczne dla serii Gundam elementy — dramat wojenny, psychologiczne dylematy bohaterów i moralnie złożone problemy współczesnego świata, ukazane w widowiskowej oprawie wizualnej.