„Kidou Senshi Gundam Thunderbolt” to intensywna opowieść rozwijająca się w Uniwersum Wieku 0079, gdzie skonfliktowane siły Federacji Ziemi i Księstwa Zeon tocza walkę w Sektorze Thunderbolt podczas Wojny Jednego Roku. Ten fragment kosmosu, znany z ciągłych wyładowań elektryczności, okazuje się być śmiertelnym polem bitwy. Pilot Federacji, Io Fleming, prowadzi ofensywę przeciwko asem Zeonu, Daryl Lorenzowi i jego grupie snajperów.
Gdy Io przejmuje kontrolę nad prototypem Gundama, Daryl musi podjąć decyzję o wysokim ryzyku, by pokonać wroga i zapewnić zwycięstwo Zeonowi. Stawką jest nie tylko jego los, ale i bezpieczeństwo towarzyszy broni.