„Kidou Senshi Gundam Unicorn” to mroczna historia osadzona w roku Universal Century 0096, trzy lata po nieudanej próbie zmuszenia ludzkości do migracji do przestrzeni kosmicznej. Banagher Links, 16-latek mieszkający w kolonii orbitującej wokół Ziemi, prowadzi spokojne życie. Wszystko jednak zmienia się, gdy na jego drodze staje Audrey Burne, ostatnia potomkini potężnej tyrani, która ma na celu skraść tajemnicze urządzenie zwaną „Skrzynią Laplace’a”. Mówi się, że Skrzynia ma moc kształtowania losów Wszechświata. Kiedy kolonia zostaje zaatakowana, Banagher bierze kontrolę nad nowo zbudowanym Gundam Unicorn, aby bronić swoich przyjaciół i los ludzkości.