„Kimi wa Houkago Insomnia” to historia o uczniach szkoły średniej – Gancie Nakami, który często ma problemy ze snem, co wpływa na jego nastawienie w szkole oraz Isaki Magari, swobodnej duszy skrywającej swój zaburzenia snu. Gdy potrzebuje odpocząć, korzysta ze opuszczonego obserwatorium klubu astronomicznego w szkole. Kiedy Nakami przypadkowo odkrywa jej sekret, Magari postanawia podzielić się z nim swoim tajemnym miejscem na drzemkę. Wspólne doświadczenia wpływają na nich obu, ułatwiając im radzenie sobie z problemami.