Koi to anime, które opowiada o skomplikowanych relacjach uczuciowych pomiędzy bliźniętami i ich przyjacielem z dzieciństwa. Historia koncentruje się na postaciach Jun Shirosaki oraz Rumi i Naori Jingūji, które razem dorastały. Głównym wątkiem fabuły jest rozwijająca się przez lata przyjaźń pomiędzy bohaterami, która komplikuje się z powodu miłosnych emocji. Anime śledzi codzienne zmagania i wzajemne relacje tej trójki, pokazując, w jaki sposób radzą sobie z napięciem, które towarzyszy dorastaniu oraz ukrytym uczuciom.
Seria jest pełna emocji i przedstawia, jak ważna jest szczerość w przyjaźni i miłości. Dodatkowym atutem produkcji są ciekawe postacie drugoplanowe, które wspierają lub komplikują sytuacje głównych bohaterów.
