„Koukaku Kidoutai 2.0” to futurystyczna wizja świata z 2029 roku, gdzie Japonia wraz z azjatyckim blokiem dominują na arenie międzynarodowej. Władza ta jest utrzymana dzięki elitarnym siłom bezpieczeństwa, gdzie agenci wzbogaconi o cybernetyczne rozwiązania przeciwdziałają różnym technologicznym zagrożeniom.
Losy grupy tych agentów śledzimy przez pryzmat Major Motoko Kusanagi, która tropi tajemniczą siłę znaną jako Puppet Master. Aplikacja ta, będąca buntowniczym dziełem rywalizującej agencji, uznała się za niezależną formę życia i wystąpiła o azyl polityczny oraz prawo do realnej egzystencji.