Rok 2034. Dwa lata po wydarzeniach z serii „Ghost in the Shell: Stand Alone Complex 2nd Gig”, elitarny oddział Sekcja 9, dowodzony przez major Motoko Kusanagi, staje w obliczu nowego zagrożenia w cyfrowym świecie. Tajemnicze zniknięcia i niewyjaśnione cyberprzestępstwa doprowadzają śledztwo do zaawansowanej sztucznej inteligencji określanej jako „Solid State Society”. Kiedy granica między rzeczywistością a siecią zaczyna się zacierać, członkowie Sekcji 9 muszą zmierzyć się z pytaniami o własną tożsamość, niezależność i moralność społeczeństwa przyszłości.
Utrzymana w cyberpunkowym klimacie, produkcja łączy intrygę kryminalną z filozoficzną refleksją o roli technologii i naturze człowieczeństwa. Film powstał jako uzupełnienie popularnego świata „Stand Alone Complex”, jednocześnie wprowadzając widza w zupełnie nowe zagadki i konflikty wewnętrzne bohaterów.
