Koupen-chan opowiada o codziennych przygodach uroczego małego pingwinka Koupen-chana oraz jego przyjaciół. Seria skupia się na celebracji drobnych radości życia i pokazywaniu pozytywnego podejścia do codziennych wyzwań. Akcja toczy się w pogodnym, pełnym ciepła świecie, gdzie każdy dzień przynosi nowe powody do uśmiechu – czy to podczas wspólnych zabaw, pysznych przekąsek, czy zwykłych rozmów. Koupen-chan, jako główna postać, uczy widzów akceptacji samego siebie i czerpania radości nawet z najmniejszych sukcesów. Konflikty są subtelne i codzienne, a ton anime pozostaje lekki, kojący i pełen uroku, idealny do relaksu i poprawy nastroju.
