„Kurokami The Animation” to historia o licealiście Ibuki Keicie, który od zawsze nawiedzany jest przez pecha. Z nieznanego powodu wszyscy wokół niego tragicznie umierają. Pewnego wieczoru w swojej ulubionej restauracji spotyka tajemniczą dziewczynę, Kuro, która posiada nadludzkie zdolności i klasyfikuje się jako Mototsumitama. Kuro chroni „Równowagę Współistnienia” – byty, które zapewniają przepływ siły życiowej, zwaną Terrą, na całym świecie. Kiedy Keita zostaje wplątany w ten ukryty świat, na krawędzi śmierci, zawiązuje umowę z Kuro, nieświadom jej prawdziwego znaczenia. Czy pech Keity mogłby być jeszcze większy?