„Kuusen Madoushi Kouhosei no Kyoukan” to opowieść o świecie pośród chmur, gdzie ludzie są zmuszeni żyć w unoszących się miastach, uciekając przed potężnymi, magicznymi owadami. Magowie z prestiżowych akademii walczą z tymi monstrami, broniąc resztek ludzkości. Wśród nich jest Kanata Age, młody człowiek, który pomimo bycia niegdyś uznawanym za „Czarnego Mistrza Mieczników”, teraz jest zdradcą. Otrzymuje szansę odbudowania swojej reputacji poprzez szkolenie drużyny E601, składającej się z trzech dziewczyn – Misory Whitale, Lecty Eisenach i Rico Flamel – które mają swoje własne problemy. Czy Kanata będzie w stanie pomóc im pokonać problemy i walczyć z potworami?