„Kyoshin to Hyouka no Shiro” to historia rozgrywająca się w Minami Shimabara, w prefekturze Nagasaki, słynnym miejscem buntu Shimabara, który wstrząsnął Japonią w okresie Edo. Tam trzecioklasista gimnazjum, Shirou, spędza dni ze swoimi szkolnymi przyjaciółmi. Pewnego dnia latem, starsza przyjaciółka z dzieciństwa Shirou, Akane, wraca do Minami Shimabara z Tokio. Wraz z innym długotrwałym przyjacielem, Tokiyą, spacerują po Minami Shimabara, zmagając się z nostalgią i skomplikowanymi uczuciami. Gdy spotykają tajemniczą istotę o nazwie Goron, małe miasto znów staje się centrum wielkich wydarzeń.