W niedalekiej przyszłości Japonia znajduje się w głębokim kryzysie – podzielona na strefy zarządzane przez obce potęgi militarnie oraz ekonomicznie. Narastające napięcia doprowadziły do wprowadzenia zaawansowanej technologii bojowej AMAIM, kontrolowanej i wykorzystywanej przez obce jednostki okupacyjne. W tej rzeczywistości młody Amou Shiiba, wraz ze swoim inteligentnym partnerem sztucznej inteligencji imieniem Gai, kontynuuje walkę przeciw okupantom, by odzyskać wolność ojczyzny. Druga część serii kontynuuje opowieść o determinacji, przyjaźni oraz poświęceniu w obliczu przytłaczających przeciwności. Amou i jego sojusznicy muszą stawić czoła nowym zagrożeniom, które wystawiają na próbę nie tylko ich umiejętności bojowe, ale także przekonania. Kyoukai Senki Part 2 to dynamiczne, pełne akcji mecha anime, w którym dramat wojenny przeplata się z wątkami narodowej dumy, dorastania oraz pytaniami o konsekwencje technologicznego rozwoju.

