Akcja anime rozpoczyna się w XVIII-wiecznej Francji, pełnej intryg dworskich oraz sekretnych organizacji, które w cieniu manipulują politycznym losem Europy. Historia podąża za młodym rycerzem D’Eonem de Beaumont, który służy na dworze Ludwika XV. Kiedy siostra głównego bohatera, Lia, zostaje brutalnie zamordowana w tajemniczych okolicznościach, D’Eon bierze na siebie zadanie odkrycia prawdy o jej śmierci. Ścigając się z czasem, bohater splata swoje losy z nadprzyrodzonymi tajemnicami, gdyż duch zmarłej siostry zaczyna pojawiać się i wpływać na jego działania. Wkrótce okazuje się, że sprawa dotyczy mrocznych spisków i tajnych stowarzyszeń, które zagrażają bezpieczeństwu państwa. „Le Chevalier D’Eon” to mroczny, dramatyczny thriller historyczny, łączący elementy mistycyzmu, fikcji politycznej i zawiłych ludzkich emocji.
