Akcja „Little Witch Academia” rozgrywa się w magicznym świecie, w którym młode dziewczyny uczęszczają do elitarnej szkoły dla czarownic – Akademii Luna Nova. Główna bohaterka, energiczna i marzycielska Atsuko „Akko” Kagari, od dzieciństwa inspiruje się występami legendarnej wiedźmy, Shiny Chariot, i postanawia sama zostać czarownicą. Jednakże Akko nie pochodzi z magicznej rodziny, a w szkole ma problemy z opanowaniem zaklęć, przez co często wpada w tarapaty. Mimo trudności dziewczyna nie zamierza się poddawać, a wspierana przez przyjaciółki – inteligentną Lotte i barwną Suzy – przezwycięża kolejne przeszkody. Historia utrzymana jest w pogodnym tonie, pełnym fantastycznych przygód, humoru oraz optymizmu, pokazując, że determinacja i przyjaźń mogą zmienić nawet najbardziej niesprzyjające okoliczności.