„Machine-Doll wa Kizutsukanai” to historia o szkole magicznej Walpurgis Royal Academy of Machinart, gdzie uczono manipulacji „Machinart” – magii, która daje życie i inteligencję mechanicznym lalkom, znanym jako „automaty”. Jej celem jest kształcenie zdolnych manipulatorów, aby kontrolować automaty, które zaczęły być włączane do armii na całym świecie. Po nieudanym egzaminie wstępnym, Raishin Akabane i jego humanoidny automat Yaya muszą pokonać jednego z najlepszych stu uczniów, aby uzyskać prawo do udziału w Wieczornej Imprezie – walce o przewagę pomiędzy manipulatorami. Ostatni stojący otrzymuje tytuł „Mędrca” i dostęp do potężnych zakazanych sztuk. Kierowany tragediami z przeszłości, Raishin walczy u boku Yaya, aby wznieść się na szczyt i zdobyć tytuł Mędrca.