W odległej przyszłości ludzkość rozszerzyła swoje wpływy na różnorodne systemy planetarne. Gdy jednak tajemniczy wirus nazwany „Var Syndrome” zaczyna wywoływać agresję wśród ludzi, pokój galaktyczny staje się zagrożony. Aby przeciwdziałać tej groźbie, specjalna grupa wokalistek znana jako Walküre zostaje wysłana na front, używając muzyki do uspokojenia zakażonych osób i zapobiegnięcia przemocy.
Historia skupia się na młodym pilocie o imieniu Hayate Immelmann, który przypadkiem dołącza do sił zbrojnych i wkrótce poznaje charyzmatyczną członkinię Walküre – Freyję Wion, dziewczynę marzącą o śpiewaniu dla pokoju. Razem będą musieli stawić czoła kolejnym zagrożeniom, odkryć tajemnicę wirusa Var oraz zmierzyć się z potężnym imperium Windermere, które może być kluczem do rozwiązania konfliktu lub jego całkowitego zaostrzenia.
„Macross Δ” łączy w sobie elementy sci-fi, widowiskowe bitwy powietrzne, romans i melodramatyczny ton z charakterystycznym motywem muzyki, która staje się narzędziem nie tylko rozrywki, ale i prawdziwej walki o przyszłość.
