„Magic Kaito 1412” to historia o Kaito Kurobie, trochę psotnym, ale inaczej zwykłym nastolatku, który odkrywa szokującą tajemnicę kilka lat po tajemniczej śmierci swego ojca. Okazuje się, że jego ojciec był Phantom Thief Kaito Kidem, znanym też jako „Magik spod światła księżyca”. Był on mordercą, który zginął z rąk organizacji przestępczej, poszukującej mitycznego kamienia – Pandora Gem. Kamień ten podobno daje nieśmiertelność, gdy spożyje się łzę, którą rzuca przy przejściu Komety Doliny, co dzieje się co dziesięć tysięcy lat. Kaito, chcąc pomścić śmierć ojca, przyjmuje przebranie Phantom Thiefa i kradnie bezcenne klejnoty noc po nocy, aby odnaleźć Pandora Gem przed swoimi wrogami.