„Mahou no Star Magical Emi” to opowieść o Mai Kozuki, młodej uczennicy, która marzy o byciu magikiem i występowaniu w magicznym sztuczce swojej rodziny „Magicarat”. Jej umiejętności magiczne nie są jednak na odpowiednim poziomie. Pewnego dnia spotyka kulę światła, która ożywia pluszowego wiewiórka latającego, a dodatkowo daje jej możliwość przemiany w 18-letnią magikę – „Magical Emi”. Dzięki temu Mai dołącza do sztuczki magicznej. Jednak musi utrzymać swoją tożsamość w tajemnicy przed rodziną i przedmiotem swojego zauroczenia.