„Mahou Yuugi 3D” to opowieść o 12-letniej czarodziejce w treningu, Padudu, wybranej do reprezentowania swojego miasta na arenie. W swoim magicznym kostiumie ryby, który zapewnia jej ciepło i jedzenie, wyrusza w podróż. Podczas podróży zostaje jednak porwana przez rzekę do Doliny Tańca. Burmistrz Koffy łapie ją i wrzuca do lochu, mając nadzieję eliminować konkurencję dla swojego kandydata na arenę. Na szczęście dla Padudu, w tym lochu znajduje się tajemnicza czarodziejka Nonononn. Razem łączą siły w magicznej walce o przetrwanie.