„Major S2” to kontynuacja przygód Gorou Hondy, młodego miłośnika baseballu, który powraca do swojego rodzinnego Mifune East Junior High School. Wkrótce Gorou przypomina sobie o brutalnej rzeczywistości tej gry, kiedy musi zmierzyć się z kontuzją, którą odniósł podczas poprzednich zawodów. Tym razem przeciwnościami nie są tylko rywale na boisku, ale również własne bariery. Czy uda mu się osiągnąć cel i dostać do elitarnej szkoły baseballu Kaido? Czy uda mu się odnaleźć swoje miejsce w tej rywalizacyjnej grze?