„Medaka no Gakkou” to historia o licealistce, Medace, która pragnie zostać lekarzem. Transfery na prywatną szkołę Tanaka na rekomendację swoich rodziców, ale szybko dostrzega, że to miejsce jest dalekie od zwyczajności. Jej kolegą z klasy jest Pochi, wyjątkowo mądry pies, którego pełne zdobycze w postaci maksymalnych ocen, nie przestają zadziwiać. Oprócz niego, do jej klasy należą także Nekoko, kot, który widzi w Pochim rywala, oraz pięcioletnia dziewczynka, Misa. I jakby tego było mało, twarz jej wychowawcy, pana Tanaki, przypomina… rybę!