„Megami Kouhosei” to przyszłościowa opowieść o walce o przetrwanie ludzkości. W przyszłości, gdy ludzie skolonizowali wiele planet, na horyzont pojawiają się obcy – Victim, którzy niszczą wszystko na swojej drodze. Pozostaje jedyna planeta, Zion, która jest ostatnią nadzieją dla ludzi. Powołują do życia szkołę GOA, której celem jest szkolenie chłopców z kolonii Zion na pilotów Ingridów, czyli Bogiń – pięciu robotów obronnych. Chłopcy muszą mieć rzadki typ krwi, EO, oraz specjalne zdolności, czyli EX. Głównym bohaterem jest Zero (Kandydat 88), który tuż po przybyciu do GOA wpada do kokpitu Ingrida Eeva-Leena, z którym udaje mu się nawiązać pełną synchronizację. Przygoda Zera z szkoleniem na pilota dopiero się zaczyna.