„Megami-ryou no Ryoubo-kun” to historia o dwunastoletnim Koushi Nagumo, którego życie niespodziewanie przewraca się do góry nogami, kiedy jego ojciec go porzuca po spaleniu się ich domu. Słabnący z głodu Koushi zostaje znaleziony na ulicy przez ekscentryczną Mineru Wachi, która zabiera go do żeńskiego akademika „Megami-ryou”.
Kiedy Mineru dowiaduje się o sytuacji chłopca, zaprasza go, aby został oficjalną „matką” akademika. Czeka go tam jednak szereg nietypowych mieszkanek, takich jak Atena Saotome, która boi się mężczyzn, ale jest delikatna, czy Kiriya Senshou – damski chłopak. Pomimo tego Koushi stara się sprostać wymaganiom swojego nowego, szalonego życia!