Kontynuacja wydarzeń ukazanych w Code-E. Akcja Mission-E ponownie koncentruje się na Chinami Ebiharze, młodej dziewczynie obdarzonej zdolnością emitowania fal elektromagnetycznych. Specyficzne moce Chinary, choć niezwykle potężne, wprowadzają chaos we współczesnym świecie naszpikowanym elektroniką. Tym razem bohaterka dołącza do specjalnej agencji, której zadaniem jest ochrona osób posiadających podobne moce oraz zabezpieczanie świata przed wykorzystaniem ich zdolności w celach militarnych lub terrorystycznych. Chinami staje się częścią ekipy, dla której codziennością są dynamiczne akcje, sekrety wywiadu i niebezpieczne starcia. Misje stają się bardziej wymagające, a nowe zagrożenie zaczyna zagrażać pokojowi na świecie. Seria oferuje widzom mieszankę komedii, dramatu, akcji oraz elementów science-fiction, podkreślając jednocześnie znaczenie przyjaźni, odwagi i poświęcenia w obliczu globalnych wyzwań.

