„Kidou Senshi Gundam F91” to anime osadzone w roku 123 Uniwersalnej Ery. Akcja toczy się wokół Seabook Arno, młodego chłopaka, który zostaje wplątany w konflikt pomiędzy rządem Federacji a rebeliancką grupą Crossbone Vanguard. W wyniku jednego ze starć, Seabook i jego przyjaciele są zmuszeni do ucieczki. W wyniku tych wydarzeń, Seabook spotyka Cecily Fairchild, wnuczkę arystokraty Meitzera Ronaha, który stara się stworzyć nowe siły polityczne zwane „Cosmo Babylonia”. Rodzina Ronah, korzystając z siły Crossbone Vanguard, knuje plan przywrócenia rządów arystokracji i wprowadzenia systemu ekonomicznego, który zachwiałby jakością życia zwykłych ludzi na Ziemi. Prowadząc Gundam F91, stworzony przez jego matkę, Seabook musi podjąć decyzję – czy bronić obecnego status quo Federacji, czy współpracować z Cecily, aby znaleźć lepszy sposób życia dla wszystkich.