„Kidou Senshi Gundam SEED” tocząca się w kosmicznej erze 0071 roku opowieść o wojnie między Koordynatorami – przed urodzeniem genetycznie modyfikowanymi ludźmi, a Naturalnymi – niezmienionymi obywatelami planety Ziemia. Kira Yamato, koordynator i student na kolonii Heliopolis, zostaje wplątany w konflikt, gdy ZAFT, organizacja militaristów-skrajnych koordynatorów, atakuje kolonię próbując ukraść zestaw pięciu zaawansowanych mobilnych jednostek militarnej znanych jako Gundamy. Pomimo porwania czterech z nich, Kira przejmuje kontrolę nad piątym – Gundamem o nazwie Strike. Kira wraz ze swoimi przyjaciółmi dołącza do załogi Archangiela, statku należącemu do Sojuszu Ziemi, gdzie doświadczają okropieństw wojny i strat, które ona niesie.