„Shin Kidou Senki Gundam Wing: Endless Waltz” to kontynuacja intergalaktycznej wojny domowej, która ma miejsce rok po jej zakończeniu. W obliczu panującego na Ziemi i jej koloniach status quo, bohaterowie wojny, Duo Maxwell, Heero Yuy, Trowa Barton i Quatre Raberba Winner, postanawiają zniszczyć swoje Gundamy, wysyłając je na powierzchnię słońca. Jednak przed dotarciem Gundamy do celu, pokój zostaje rozbity przez Mariemaię Khushrenadę, jedyną córkę byłego tyrana Treize. Mariemaia porywa dyplomatę Relenę Peacecraft i ogłasza plan rozpoczęcia „Operacji Meteor”, mającej na celu pośmiertne spełnienie dążenia Treize do globalnej dominacji. Bohaterowie muszą ponownie zdobyć swoje Gundamy i stawić czoła dynastii Khushrenada w ostatniej bitwie.