„Mouretsu Pirates” to historia osadzona w dalekiej przyszłości, gdzie podróże międzygwiezdne są na porządku dziennym. Główna bohaterka, Marika Katou, jest licealistką, która dzieli swój czas między pracę kelnerki a obowiązki w klubie jachtowym. Wszystko zmienia się, gdy dowiaduje się o śmierci swojego ojca – legendarnego pirata „Gonzaemona”, który zostawił jej w spadku swój słynny statek Bentenmaru i załogę. Teraz Marika musi podjąć decyzję: pozostać zwykłą uczennicą, czy podjąć życie pełne ryzyka i emocji jako kosmiczna piratka. Jej wybór z niecierpliwością obserwują rózne agencje rządowe oraz tajemnicza uczennica, Chiaki Kurihara.