„Mouretsu Pirates: Abyss of Hyperspace” to opowieść o Marice Katou, uczennicy trzeciej klasy Hakuho Girls’ Academy oraz prawowitej kosmicznej piratce posiadającej List Marque. Pomiędzy nauką, prowadzeniem klubu jachtowego swojej szkoły, pracą dorywczą w Cafe Lamp oraz byciem kapitanem statku pirackiego Bentenmaru, Marika ma bardzo napięty harmonogram. Pewnego dnia dostaje zlecenie na napad na luksusowy statek pasażerski na którym podróżuje Kanata Mugen, chłopiec posiadający „przepustkę galaktyczną”. Tak zaczyna się przygoda z udziałem wyścigu w przestrzeni hiperprzestrzennej pomiędzy piratami a jednym młodym chłopcem.