„Mushishi” to tajemniczy świat, gdzie istnieją najprostsze formy życia znane jako „Mushi”. Przechodzą one daleko poza pojęcia „dobra” i „zła”, nie mając żadnych celów poza samym „byciem”. Mushi mogą przyjmować niezliczone formy, naśladując elementy naturalnego świata, takie jak rośliny, choroby czy zjawiska jak tęcze. Wiele osób nie zdaje sobie sprawy z istnienia Mushi, dlatego informacje o nich są tak rzadkie. Ginko, zwany „Mushishi”, nieustannie dąży do zrozumienia ich miejsca w hierarchii życia, tropiąc plotki o zjawiskach związanych z Mushi. To wszystko w poszukiwaniu odpowiedzi, która mogłaby objaśnić sens samego życia.